Da un atto di donazione dei Signori e uomini di Garessio a «Ecclesie Beate Marie Vergini Armitanorum Casotuli» del 5 aprile 1183 che riporta l'elenco dei monaci viventi nella Certosa possiamo affermare che già in quell'epoca il monastero possedeva il chiostro da dove si aprivano le dodici celle che ospitavano i frati con i relativi giardinetti individuali, la chiesa, la foresteria nella parte anteriore ed alcuni locali adibiti a deposito.
Per effettuare queste opere l'ordine poteva contare su un cospicuo patrimonio, costituitosi a seguito di molte e generose donazioni; ma la ricchezza non alleviò certamente la sorte del Convento, flagellato, come pure la Certosa di Pesio, dalle devastazioni e dai saccheggi dei predoni che pullulavano nel Monregalese.
Bande anche numerose di uomini senza pietà, comandate da gente energica e crudele, come furono i famigerati Giorgino Dal Pozzo e Tolosano da Borgo San Dalmazzo, spargevano il terrore razziando e distruggendo ogni cosa.
Per questo verso il 1500 troviamo la Certosa con le sostanze ridotte a 600 giornate di terra, ben misera cosa rispetto ai beni precedenti.
Per colmo di sventura, poi, una serie di incendi scoppiarono nella Certosa. Si ha infatti notizia che il 21 giugno 1380 mentre era priore Giovanni Galamanno di Asti il fuoco distrusse il chiostro, le celle dei monaci, le officine e altre costruzioni, anche perché i fabbricati erano in legno che proveniva dai ricchi boschi della proprietà certosina.
Dopo una ricostruzione completa avvenuta entro il 1427 mentre era priore Damiano Bosco di Pietra Ligure, il 3 novembre 1546 scoppiò un nuovo incendio che procurò rilevanti danni, ma il più grave avvenne nel luglio del 1566 probabilmente di origine dolosa, che distrusse gran parte del convento con il suo prezioso archivio.
Questa serie di sventure spinse nel 1568 i monaci a trasferirsi al Consovero in comune di Morozzo in località detta «Prato Florido» nella pianura cuneese dove essi possedevano un antico lascito e su cui avevano costruito un piccolo chiostro.
A Casotto secondo una bolla del Pontefice Pio V già Vescovo di Mondovì ed estimatore dei certosini si doveva ricostruire il chiostro e le abitazioni per tre o quattro religiosi sotto la direzione di un procuratore che dipendeva dal priore abitante al Consovero.
Nel 1577 il capitolo generale dell'ordine impose al priore del Consovero che fossero ripresi i lavori di ricostruzione della chiesa, del chiostro, delle celle nella primitiva residenza di Casotto.
I lavori proseguirono con i priori successivi (consacrazione del nuovo cimitero nel 1582 e della nuova Chiesa il 13 luglio 1592) e pressoché terminarono nei primi anni del '600.
Le rendite di Casotto, oramai superiori al fabbisogno di un esiguo numero di religiosi richiamarono ben presto molti fuorilegge tanto che si ha notizia che il Vescovo di Mondovì Monsignor Brizio in una visita del 9 settembre 1643 trovò la foresteria occupata da circa ottanta briganti, alloggiati a carico dei monaci, che qui trovarono una dimora gratuita ed un covo sicuro al ritorno dalle scorribande nella zona.
L'insostenibile situazione portò ad includere la Certosa di Casotto tra le case religiose che la Chiesa aveva in quel tempo deciso di sopprimere, ma i certosini riuscirono non solo ad evitare il provvedimento bensì con una lunga lotta ottennero, dopo oltre un secolo di «esilio» al Consovero, di ritornare tra le loro montagne.
La data ufficiale del definitivo ritorno e del ripristino delle consuetudini certosine a Casotto è quella del 6 ottobre 1698, come risulta dalla lapide incisa su un blocco di pietra di 5 quintali ancora oggi leggibile e conservata tra i ruderi della Certosa.
Nel 1702 fu riordinato l'archivio, nel 1708 furono consacrate le due campane della Chiesa dedicate a San Brunone l'una e a San Giovanni Battista e al Beato Guglielmo l'altra.
Nel 1754 fu completato il restauro della Chiesa come ricorda la lapide posta sulla facciata con la frase «restaurata vetustas MDCCLIIII» poi consacrata dall'Arcivescovo di Torino Monsignor Lucerna Rorengo di Rorà il 30 settembre 1770.
La ricostruzione della Certosa di Casotto da molti studiosi venne attribuita all'architetto Francesco Gallo di Mondovì. Ricerche accurate la aggiudicano senza dubbio a Bernardo Antonio Vittone: egli infatti nei suoi scritti ha sempre posto con somma cura i nomi degli autori di opere altrui, mentre presenta la Certosa di Casotto, senza menzionare il Gallo, come sua.
Probabilmente il lavoro della ricostruzione era stato affidato in origine al Gallo e assegnato al Vittone in seguito alla morte del primo.
Nel corso dei lavori il progetto iniziale subì ad opera dello stesso architetto numerose modifiche ed in parte, specie per quanto riguarda il chiostro, non fu portato a termine.
Le celle, come stanno a dimostrarlo gli ultimi ruderi rimasti, risultarono esser state realizzate secondo le regole certosine come si riscontrano in altre certose: si tratta di un piccolo alloggio con un piano terreno ed uno superiore, un solaio, un giardinetto ed un corridoio per consentire al frate, in caso di cattivo tempo, di passeggiare al coperto.
Al piano inferiore si trova la legnaia ed una stanza o anticamera adibita a luogo di studio o di disegno ed una seconda, la cella vera e propria, in cui il certosino trascorre la massima parte della sua giornata.