Tra la fine del settecento e l'inizio dell'ottocento la regione del cuneese dovette subire in modo assai crudo l'invasione francese e tutte le conseguenze che una occupazione straniera comporta.
La vita tranquilla e di preghiera che i Certosini, ritornati nella bella e nuova Certosa, si auspicavano fu in realtà ben diversa.
Il generale Massena dell'esercito repubblicano francese nel 1794 scese dai monti di confine occupando Ormea, la fortezza di Ceva e, senza più incontrare resistenza, Garessio.
L'invasore impose contributi in danaro, vettovaglie e bestiame che ridussero alla fame le vallate monregalesi portandole in pochi anni alla ribellione.
Attorno alla Certosa di Casotto la guerra avvampò violentemente tra gli anni 1795 e 1796, ancor oggi ne sono a testimonianza le trincee scavate attorno alla vetta del Monte Mindino.
I giorni antecedenti la battaglia di Loano svoltasi tra il 23 e il 28 novembre 1795, il generale Massena soggiornò nella Certosa con cinquecentoventicinque uomini del Battaglione di Chablais.
Furono anni certamente molto duri. Malgrado il tentativo di Napoleone di riformare l'amministrazione, l'esercito francese, a causa dei rapidi spostamenti, non riceveva più alcuna sovvenzione dal proprio paese, per cui i soldati si riversavano nei centri abitati saccheggiando e depredando.
La furia vandalica delle truppe raggiunse un tale eccesso che nel 1796 lo stesso generale Laharpe con alcuni suoi alti ufficiali, non riuscendo più a frenare questo stato di cose, chiese licenza a Napoleone Buonaparte dichiarando di «anteporre l'umile mestiere di lavorare la terra per vivere che essere capo di genti peggiori che non fossero ai tempi andati i Vandali».
La provincia di Mondovì insorse nel 1799, contemporaneamente giunsero in Piemonte austriaci e russi.
Le contrade, percorse dai francesi e dagli insorti aiutati dagli stranieri appena giunti, furono teatro di continui scontri e messe a ferro e fuoco.
Mancando ogni rifornimento e distrutti i raccolti, le truppe, avendo già commesso ogni sorta di barbarie per provvedere ai propri approvvigionamenti, ricorsero ai rapimenti con riscatti in danaro e vettovaglie.
Per un frate rapito la Certosa di Casotto dovette pagare 1.500 lire oro, somma allora ingentissima, per la sua liberazione. Ristabilitasi la situazione con il ritorno al comando dei francesi, sugli organi religiosi vennero a gravare pesantissimi tributi; ma ormai era la fine.
A seguito del noto editto napoleonico che imponeva l'abolizione delle congregazioni religiose, il 31 agosto 1802 venne pubblicata la soppressione degli ordini monastici nei dipartimenti dalla 27a Divisione.
I beni, i cartari, i registri furono portati via da delegati speciali francesi, gli oggetti preziosi e gli ori spediti alla zecca. Unici ordini immuni rimasero quelli che si dedicavano alla pubblica istruzione ed all'assistenza degli ammalati.
Così la Certosa che contava in quell'anno ancora 16 tra monaci e conversi fu privata di gran parte delle sue proprietà: cinque cascine del Consovero passarono all'Ospedale di Mondovì, due cascine di Piantorre e Cà dei Prati a Garessio cedute a fornitori militari; essa cessò così di essere un centro di fede monastica.
Il 15 novembre 1803 il generale Jourdan emanava un decreto che sanciva la fine della Certosa:
1) si procederà fra il più breve termine alla vendita per via di deliberazione dei beni e delle fabbriche dipendenti dalle già Certose di Casotto e di Pesio, situate nel dipartimento della Stura;
2) queste vendite si faranno dal Prefetto dello stesso Dipartimento alla licitazione agli incanti, 15 giorni dopo l'affisso. Le due Certose furono comprate da un certo Giuseppe Avena; quella di Casotto passò in seguito ad altri proprietari; purtroppo ciò che non era stato ancora distrutto o spogliato dalle soldatesche e dai briganti fu lasciato per lunghi anni all'incuria ed all'abbandono. Le biblioteche dei due conventi furono salvate dal Teologo Brunico delegato del Prefetto, e riordinate in una pubblica biblioteca a Mondovì da Padre Clemente Doglio e dal Can. Gioachino Grassi.
Nel 1837 il Messaggero Torinese descriveva così il desolante spettacolo che la Certosa offriva al passeggero:
«... Noi ci accostammo a quella meta del nostro pellegrinaggio colla riverenza che ispirano i ruderi di un'opera grande. La visitammo. Quante rovine! Quanto squallore! La bellissima Chiesa che costò meglio di mezzo milione di lire vecchie del Piemonte, ricca di marmi, di dipinti, scassinata, minaccia rovina; la cupola n'è per metà crollata, i vestiboli, i lunghi corridoi, le celle dei monaci sono sepolte fra i rottami o vicine ad esserlo. «Ogni anno distrugge un avanzo di quel sontuoso edificio, e quanto Oggi ti riempie ancora di mesta ammirazione, nella succedente primavera è macerie. Invano tu cercheresti di farti una distinta idea di come era quel monumento architettonico. Le sue rovine sono le ossa non intiere del gigante da cui puoi desumere le proporzioni della sua mole, ma non la particolare struttura. «Il cemeterio dei Padri è appena riconoscibile; ivi se metti piede puoi giustamente evocando quelle ombre esclamare per esse: "Nec tumulum curo, sepelit natura relictos". «La solitaria volpe vi ha posto il suo covile, e le spine ed il cardo montano se ne disputano il possesso, una parte soltanto del lato meridionale di quell'edificio sussiste non oltraggiata...